Exímio tenista na juventude e grande adversário de Gustavo Kuerten em Florianópolis, Fernando Scherer iniciou-se tarde na natação aos 14 anos por recomendação médica para combater problemas respiratórios que atrapalhavam seu jogo de tênis. Porém, o garoto tomou gosto pela coisa e aos poucos os bons resultados nas aulas foram aparecendo e surgia ai super velocista em um curtíssimo espaço de tempo. Aos 18 anos em 1992 ficou próximo de conseguir o índice olímpico para os Jogos Olímpicos de Barcelona.
O tênis então, passou a ser um hobby e a natação entrou na vida do jovem loiro e cabeludo, que recebeu de amigos o apelido que o acompanharia para o resto da vida: Xuxa. Inclusive anos depois, já famoso, teve a oportunidade de conhecer pessoalmente a “rainha dos baixinhos” e participar de seu programa na TV Globo. Nas piscinas ele se tornava um dos maiores velocistas do mundo e conseguiu medalhas de ouro nos Mundiais de piscina curta em Palma de Mallorca-1993 e Rio-1995.
Nos Jogos Olímpicos de Atlanta-1996 passou por uma saga épica para chegar a sua primeira medalha olímpica. Na semifinal ele empatou com o alemão Bengt Zikarsky e o venezuelano Francisco Sánchez e teve que passar pelo desempate para nadar a final. Conseguiu e nadando na raia 1 atropelou seus adversários para faturar sua primeira medalha olímpica: um bronze com 22s29, novo recorde sul-americano e atrás apenas dos fenomenais Alexander Popov e Gary Hall Junior.
Entre 1998 e 2000 viveu os melhores momentos da carreira. Em 1998 foi eleito o melhor nadador do mundo pela conceituada revista americana Swimming World e na época tornou-se o primeiro brasileiro a nadar os 100m livre abaixo dos 49 segundos: 48s69 durante o tradicional festival Goodwill Games. No ano seguinte ganhou quatro medalhas de ouro nos Jogos Pan-Americanos de Winnipeg e em 2000 voltou ao pódio olímpico ao conquistar o bronze com o histórico revezamento 4x100m livre do Brasil nos Jogos de Sydney.
Após esse período glorioso, sofreu com lesões e teve resultados ruins, porém, em 2003 deu a volta por cima ao vencer mais uma vez os 50m livre nos Jogos Pan-Americanos, agora em Santo Domingo. Nadaria no ano seguinte os Jogos Olímpicos de Atenas, mas parou na semifinal dos 50m livre. Em Montreal-2005 disputou seu último Campeonato Mundial tendo sido quinto colocado nos 50m borboleta. No ano seguinte anunciou o fim da vitoriosa carreira aos 32 anos.
Após deixar a natação competitiva passou a cuidar de sua marca de acessórios de natação: a HammerHead e também foi comentarista de natação da Rede Record, tendo exercido esta função nos Jogos Olímpicos de Londres-2012 e Rio-2016 e nos Pan-Americanos do Rio-2007, Guadalajara-2011 e Toronto-2015. Extremamente popular e carismático, também participou de outros programas da TV Record, com destaque para o reality show “A Fazenda”.