Nascido em Canoas, no estado do Rio Grande do Sul, Fernando Scheffer sempre foi um talento prodígio da natação de base gaúcha. Atleta do Grêmio Náutico União, despontou como grande talento nos campeonatos infantis e juvenis nas provas de 200m e 400m livre e ainda como nadador júnior chegou a seleção brasileira principal aos 18 anos send convocado para o Campeonato Mundial de piscina curta de Windsor-2016.
No evento não passou das eliminatórias nos 100m, 200m e 400m livre, mas a competição foi uma grande experiência para nadador que fez uma ótima temporada no ano seguinte. Em 2017 conseguiu se firmar com um dos melhores nadadores de meio fundo do Brasil e passou a mirar uma vaga na equipe do 4x200m livre que perdia dois experientes nadadores, Thiago Pereira e Nicolas Oliveira, que se aposentaram após o Rio-2016.
Em 2018 mudou-se para o Minas Tênis Clube e fez uma temporada fantástica. Na piscina longa bateu os recordes sul-americanos nos 200m e 400m livre e no Campeonato Pan-Pacífico de Tóquio ficou muito perto de ganhar duas medalhas sendo quarto colocado nos 200m livre e com o 4x200m livre, além de um sexto lugar nos 400m livre. Terminou a temporada como o quarto nadador mais rápido nos 200m livre com 1min45s51.
Mas foi na piscina curta que Scheffer brilhou. No Campeonato Mundial de Hangzhou integrou o revezamento 4x200m livre que faturou a medalha de ouro e bateu o recorde mundial com 6min46s81. Scheffer foi uma peça fundamental na vitoria sendo o segundo nadador a cair na água e ajudando a ampliar a vantagem da equipe após a parcial inicial de Luiz Altamir. O gaúcho ainda foi finalista nos 400m livre batendo o recorde sul-americano e terminando em oitavo lugar.
Em 2019 esteve presente nos dois principais eventos da temporada. No Campeonato Mundial de Esportes Aquáticos fez uma ótima campanha, mas terminou sem medalhas. Ajudou a equipe do 4x200m livre a conquistar a vaga olímpica com a sétima colocação e novo recorde sul-americano. Nos 200m livre ficou a apenas oito centésimos de conquistar uma vaga na final terminando na nona colocação.
Esteve também nos Jogos Pan-Americanos de Lima e saiu da competição com três medalhas, sendo duas de ouro nos 200m livre e com o revezamento 4x200m livre, esta com novo recorde de campeonato. Ainda foi vice-campeão nos 400m livre. Hoje Scheffer segue como um dos principais nadadores do país e peça fundamental para tentar fazer o revezamento 4x200m livre voltar ao pódio olímpico.
